Kancelarija glavnog pregovarača obavlja poslove iz domena: podrške realizaciji poslova i dnevnih aktivnosti glavnog pregovarača, organizacije i praćenja sastanaka glavnog pregovarača s domaćim i stranim predstavnicima u zemlji i inostranstvu, pripreme sastanaka i posjete glavnog pregovarača, kao i učešća na javnim događajima. Kancelarija koordinira poslove s pregovaračkom strukturom i ostalim relevantnim subjektima procesa pristupanja. Dio Kancelarije glavnog pregovarača, koji svoju djelatnost vrši u okviru Misije Crne Gore pri Evropskoj uniji, prevashodno je usmjeren na komunikaciju s predstavnicima institucija Evropske unije, u prvom redu Evropske komisije i Savjeta, kao i stalnim predstavništvima država članica pri EU. Kancelarija glavnog pregovarača u Misiji Crne Gore pri EU predstavlja kanal komunikacije pregovaračke strukture (na operativnom planu pregovarača, šefova i sekretara radnih grupa za pripremu pregovora o poglavljima) s Evropskom komisijom. Zadužena je za koordinaciju dostave materijala i dokumenata iz pregovaračkog procesa u oba smjera, između pregovaračke strukture i EU.
Kancelarija glavnog pregovarača ima devet članova, od kojih su sedam u Podgorici i dva u Briselu. Njenim radom rukovodi šef Kancelarije.
